Еще одно новшество в генетике, Что такое гаплотип?

Еще статьи по теме

реклама на сайте

Гаплотип животного, подвергнутого геномному тестированию, представляет собой короткий участок ДНК, унаследованный от отца или матери.

При генотипировании мы считываем генетические маркеры — чаще всего однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), — разбросанные по геному животного.

Сопоставление гаплотипов позволило нам обнаружить предков в тех случаях, когда происхождение животных было неизвестно или сомнительно. Анализ гаплотипов также используется для выявления генетических факторов, влияющих на проявление определенных фенотипических особенностей. Иногда это желаемое выражение, например, комолый (безрогий) или цвет шерсти. В других случаях эти факторы являются вредными или даже смертельными. За последнее десятилетие было обнаружено и описано несколько вызовов гаплотипов, влияющих, например, на фертильность, гибель эмбрионов и мертворождение.

сумка для вымени коров

Обычно результаты генного теста используются для определения статуса носителя высокопоставленных животных. Мы не всегда можем получить фактические генные тесты для определения статуса носителя у всех животных в популяции. Иногда причинный вариант неизвестен или отсутствует на коммерческом чипе генотипирования. В этих случаях доступны вызовы гаплотипов для определения статуса носителя животных экономичным и эффективным способом посредством обычного процесса геномной оценки.

Какие изменения произойдут в декабре?

Начиная с оценок на этой неделе, оценки в США будут содержать новый гаплотип, вызывающий синдром ранней мышечной слабости у голштинов. Сокращенно HMW, CDCB будет сообщать о статусе неносителя (0), носителя (1), гомозиготного (2), вероятного носителя (3) или вероятного гомозиготного (4) для генотипированных животных.

В ходе тестового запуска с использованием генотипов от ноября 2023 года 87,7% генотипированной популяции голштинской породы были признаны неносительницами (0). Сообщения о «вероятном носителе» (3) и «вероятной гомозиготе» (4) часто возникают из-за невозможности подтвердить наличие мутировавшего гаплотипа с помощью доступной родословной.

HMW — это генетическое заболевание, которое по-прежнему расследуется Ассоциацией голштинцев США (HAUSA) и является главным приоритетом исследований для HAUSA, CDCB и Министерство сельского хозяйства США AGIL. В 2022 году фермеры в нескольких штатах связались с исследователями из штата Пенсильвания по поводу подозрения на генетическое заболевание, характеризующееся неспособностью теленка вставать или оставаться на ногах при помощи. Первоначально это состояние называлось лежачим положением икр, но с тех пор оно было преобразовано в синдром ранней мышечной слабости, или MW. Согласно современным исследованиям, это расстройство обычно начинается в течение первых двух месяцев жизни. У телят проявляется мышечная слабость, они становятся нежизнеспособными и погибают от вторичных проблем со здоровьем, таких как пневмония, или их подвергают эвтаназии.

Во-вторых, будет обновлена ​​информация о гаплотипе дефицита холестерина (HCD) у голштинских пород. Благодаря сотрудничеству с HAUSA, CDCB и AGIL получили доступ к более чем 1,3 миллионам женских лабораторных тестов на дефицит холестерина. Эти генетические тесты теперь включены в определение гаплотипов HCD, что повышает точность результатов. В ходе тестового запуска с использованием генотипов от ноября 2023 года 96,6% популяции голштинской породы были признаны неносительницами (0) ГЦД.

Телята голштинской породы демонстрируют новый генетический дефект

Кроме того, в декабрьских оценках будут обновлены предполагаемые генотипы для всех животных. Вменение — это процесс получения гаплотипов. Это периодический процесс, который гарантирует, что все население получит выгоду от новейшей информации об SNP. Ожидается, что это приведет к более высокой вариабельности вызовов гаплотипов для определенных подгрупп населения. Ожидается, что животные, имеющие полную родословную и генотипированные с помощью чипа высокой плотности, останутся стабильными.

Преимущества гаплотипов для понимания и идентификации генетических вариаций являются довольно новым аспектом разведения крупного рогатого скота, возникшим в результате расширения использования геномики и генотипирования за последние 15 лет. Общеизвестно, что геномный отбор ускорил генетический прогресс и улучшил продуктивность животных; однако роль гаплотипов может быть менее известна.

Исследования и прогнозы в отношении гаплотипов проводятся Лабораторией геномики и улучшения животных Министерства сельского хозяйства США (AGIL) и Советом по молочному скотоводству (CDCB). CDCB управляет национальной базой данных генотипов и производительности и публикует генетические оценки США по 50 признакам и четырем индексам селекции. CDCB также сообщает об известных вызовах гаплотипов для генетических факторов у эйрширских, коричневых швейцарских, джерсейских и голштинских пород. В официальной документации породных ассоциаций и CDCB содержатся коды, уточняющие статус животного-носителя выявленных генетических факторов.

Изменения в декабрьских оценках CDCB включают новые определения гаплотипов для синдрома ранней мышечной слабости (HMW) у голштинских пород, обновленные определения гаплотипов для дефицита холестерина (HCD) у голштинских пород и обновленные результаты вменения для всех пород.

источник https://hoards.com/article-34478-what-is-a-haplotype-call.html

0

Мы в социальных сетях, подписывайся.


Другие записи этого автора:

🤞 Вы хотите знать, о животноводстве!

Мы не спамим! Прочтите нашу политику конфиденциальности, чтобы узнать больше.

Автор публикации

не в сети 1 час

Никита Григорьевич

8 111
Специалист по ветеринарии животных крс, имею ученые степени. Являюсь разработчиком этого сайта.
Комментарии: 945Публикации: 3571Регистрация: 16-10-2014
Нравиться
Нажимая на рекламные статьи на сайте ты помогаешь развитию сайта!